Το Ε.Π. ΥΜΕΠΕΡΑΑ περιλαμβάνει σημαντικά «Μεγάλα Έργα» (Μ.Ε.), κατά την έννοια των άρθ. 100 έως 103 του Καν. 1303/2013 της Ε.Ε. για τα οποία υπάρχουν συγκεκριμένοι κανόνες συγχρηματοδότησης. Το μεγαλύτερο μέρος των διαθέσιμων κοινοτικών πόρων του προγράμματος θα αξιοποιηθεί για την υλοποίηση αυτών των Μεγάλων Έργων.
Στον παρακάτω πίνακα αποτυπώνονται τα 21 Μεγάλα Έργα του ΕΠ-ΥΜΕΠΕΡΑΑ, εκ των οποίων τα 14 είναι έργα του τομέα Μεταφορών (σιδηροδρομικά, οδικά, μετρό) και τα 7 είναι έργα του τομέα Περιβάλλοντος (τηλεθέρμανσης, αντιπλημμυρικό, επεξεργασίας λυμάτων και διαχείρισης απορριμμάτων).
| α/α | ΤΟΜΕΑΣ ΥΠΟΔΟΜΩΝ ΜΕΤΑΦΟΡΩΝ | ΑΞΟΝΑΣ ΠΡΟΤΕΡΑΙΟΤΗΤΑΣ |
| 1. | Kατασκευή νέας διπλής σιδηροδρομικής γραμμής στο τμήμα Διακοπτό-Ροδοδάφνη - Φάση Β' |
ΑΠ 1 - Διευρωπαϊκό Σιδηροδρομικό |
| 2. | Κατασκευή νέας σιδηροδρομικής γραμμής στο τμήμα Ρίο-Πάτρα | |
| 3. | Ηλεκτροκίνηση υφιστάμενης σιδηροδρομικής γραμμής Θεσσαλονίκη-Προμαχώνας και εντοπισμένες παρεμβάσεις μικρής έκτασης σε υποδομή-επιδομή αυτής | |
| 4. | Αναβάθμιση ΠΑΘΕ/Π: τμήμα ΣΚΑ-Οινόη (χωρίς τη σύνδεση με ΣΚΑ) |
ΑΠ 2 - Διευρωπαϊκό Σιδηροδρομικό Δίκτυο (ΕΤΠΑ) |
| 5. | Κατασκευή νέας διπλής σιδηροδρομικής γραμμής Αθήνας (ΣΚΑ)-Πάτρας στο τμήμα Ροδοδάφνη–Ρίο (επιδομή, ηλεκτροκίνηση, σηματοδότηση) | |
| 6. | Κάθετος Άξονας 45 Εγνατίας Οδού «Σιάτιστα-Κρυσταλλοπηγή», Τμήμα «Κορομηλιά–Κρυσταλλοπηγή» - Φάση Β’ |
ΑΠ 3 - Διευρωπαϊκό οδικό δίκτυο και οδική ασφάλεια (ΤΣ) |
| 7. | Κατασκευή αυτοκινητόδρομου «Πάτρα-Πύργος» | |
| 8. | Ολοκλήρωση της κατασκευής οδικής σύνδεσης της περιοχής Ακτίου με το Δυτικό Άξονα Βορρά-Νότου – Φάση Β’ | |
| 9. | Κατασκευή του τμήματος «Λαμία-Ξυνιάδα» του αυτοκινητόδρομου Κεντρικής Ελλάδας (Ε65) | |
| 10. | Κατασκευή της Οδικής Παράκαμψης Χαλκίδας | |
| 11. | Μετρό Θεσσαλονίκης Βασική Γραμμή (Έργο 2)- Ολοκλήρωση κατασκευής και προμήθεια συρμών - Φάση Β΄ |
ΑΠ 8 - Καθαρές αστικές μεταφορές (ΕΤΠΑ) |
| 12. | Επέκταση του Μετρό Θεσσαλονίκης έως Καλαμαριά-Κύριες εργασίες και Προμήθεια συρμών - Φάση Β΄ | |
| 13. | Επέκταση του Μετρό Αθήνας, τμήμα Χαϊδάρι-Πειραιάς & Συρμοί του Μετρό Αθήνας-Ολοκλήρωση κατασκευής και θέση σε λειτουργία - Φάση Β΄ |
ΑΠ 9 - Καθαρές αστικές μεταφορές & βελτίωση αστικού περιβάλλοντος (ΤΣ) |
| 14. | Κατασκευή Γραμμής 4 του Μετρό Αθήνας στο τμήμα Άλσος Βεΐκου-Γουδή | |
| α/α | ΤΟΜΕΑΣ ΠΕΡΙΒΑΛΛΟΝΤΟΣ | ΑΞΟΝΑΣ ΠΡΟΤΕΡΑΙΟΤΗΤΑΣ |
| 15 | Τηλεθέρμανση Φλώρινας | ΑΠ 10 - Εφαρμογή στρατηγικών επίτευξης χαμηλών εκπομπών διοξειδίου του άνθρακα με έμφαση στις αστικές περιοχές (ΕΤΠΑ) |
| 16. | Διευθέτηση ρέματος Εσχατιάς | ΑΠ 11 - Εφαρμογή στρατηγικών προσαρμογής στην κλιματική αλλαγή, της πρόληψης και διαχείρισης κινδύνων (ΤΣ) |
| 17. | Ολοκληρωμένη διαχείριση απορριμμάτων Περιφέρειας Πελοποννήσου με ΣΔΙΤ | ΑΠ 14 - Διατήρηση και προστασία του περιβάλλοντος - Προαγωγή της αποδοτικής χρήσης των πόρων (ΤΣ) |
| 18. | Συλλογή, μεταφορά, επεξεργασία και διάθεση ακαθάρτων, περιοχών Κορωπίου-Παιανίας – Φάση Β’ | |
| 19 | Έργα αποχέτευσης και επεξεργασίας λυμάτων Ραφήνας και Αρτέμιδας | |
| 20. | Δίκτυα αποχέτευσης ακαθάρτων και εγκατάσταση επεξεργασίας λυμάτων του Δήμου Μαραθώνα (οικισμοί Μαραθώνα και Νέας Μάκρης) | |
| 21. | Ολοκληρωμένη Εγκατάσταση Διαχείρισης Απορριμμάτων (ΟΕΔΑ) Νοτιανατολικού Τομέα Θεσσαλονίκης |
